몰랐는데,

mkv 파일의 경우 자막을 동영상 내에 병합(merge)시킬 수가 있었다.

MKVToolNix 라는 툴을 사용하면, 현재 동영상 파일에 어떤 자막이 병합되어 있는지 확인하거나, 기존에 자막이 병합되어 있을 경우 삭제하거나, 자막이 없을 경우 새로운 자막을 병합시킬 수도 있다.  

신기하네…  

  
 
* 추가 정보
Subtitle Edit 이라는 프로그램을 사용하면, mkv 파일에 내장된 자막을 별도의 파일로 추출할 수 있다.